中国水权交易所设计开发的水权交易系统是全国唯一也是世界上首个国家级水权交易系统，系统的推广应用将活跃我国水权交易市场、激发水权交易动力、降低交易成本，提高交易便捷程度，为通过市场机制优化配置水资源，保护水资源可持续利用、经济社会可持续发展提供坚实保障。

水交所依据《水权交易管理暂行办法》规定的三种水权交易形式和《水权交易规则》确定的两种交易方式，开发了区域水权公开交易挂牌、区域水权公开交易应牌、区域水权协议转让交易、取水权公开交易挂牌、取水权公开交易应牌、取水权协议转让交易、灌溉用水户水权交易等7个流程，为国家级水权交易平台建设与规范、安全、高效运行奠定了基础。

在充分借鉴国内外各类交易所交易系统建设经验基础上，水交所自主开发了水权交易系统，应用云计算、大数据、移动互联等新技术，采用面向服务的体系架构（SOA）设计，基于云平台进行系统部署，根据水权交易频度和并行用户规模自动配置云平台的软硬件资源，在不间断运行的环境下实现动态扩展和分配，能够在大规模用户并发、高吞吐量交易数据的业务环境下高效运行。同时系统能够提供灵活可变的结构，具有良好可拓展性，可根据业务发展完成系统扩展与升级。

水权交易系统的用户注册与管理子系统、水权交易子系统、资金结算子系统、综合查询子系统、交易审核子系统和灌溉用水户手机APP等6个子系统实现了水权交易所有流程和环节的全覆盖。针对区域水权交易、取水权交易开发了协议转让、公开交易两个并行流程，实现了公开挂牌、单向竞价、网上结算、成交公示等交易功能。针对灌溉用水户水权交易开发了手机APP交易流程，通过同一灌区多用户集中竞价产生交易指导价，用户确认指导价后撮合交易。形成由协议转让、公开交易、手机APP三套交易流程构成的在线水权交易系统。

水权交易系统不仅适用于三种常规交易形式，也可用于定向拍卖、政府回购、收储转让等交易模式，并成功应用于内蒙古黄河干流2000万立方米/年水权指标公开挂牌，成安县2016年度结余水量政府回购等水权交易业务，实现了水权交易的线上操作。