交易主体达成交易意向，通过水交所平台进行交易的，交易主体填写《水权交易申请书》，提供身份证明、相关地方人民政府的授权文件以及达成的意向协议等材料。交易主体为受让方的，还应在15日内向水交所缴纳保证金。

水交所对交易主体提交的材料进行形式审查，不进行挂牌。

形式审查通过后，水交所组织签订交易协议。

交易双方在交易协议签订之日起5日内，按照收费标准向水交所缴纳交易服务费。

交易协议约定价款支付方式为一次性付款的，受让方应通过结算账户一次性支付；约定为分期付款的，受让方通过结算账户分期分批支付。

受让方签订交易协议后要及时足额向结算账户存入交易价款，保证按协议约定完成支付。

受让方缴纳的保证金可转作交易价款，余款在交易协议签订之日起10日内通过交易结算账户支付。

水交所在收到交易双方交易服务费之日起5日内，向双方出具《水权交易鉴证书》。

交易主体持交易协议和水交所出具的《水权交易鉴证书》向有管辖权的水行政主管部门或者流域管理机构备案。

保证金的退回。受让方缴纳保证金后退出交易程序的，水交所于10日内返还保证金。受让方参与竞价但没有取得受让权的，保证金在交易结束后5日内返还；受让方已取得竞价资格但未参加竞价活动，或者参与竞价但不履行相应程序的，保证金在扣除交易服务费后返还；已取得受让权的受让方，不按期与转让方签订交易协议的，或者不履行交易协议的，视同放弃受让权，其缴纳的保证金在扣除交易服务费后返还。